Vuodesta 2001 alkaen järjestetyt Merihistorian päivät ovat osoitus yhteistyön voimasta. Rannikkokaupungeissa Pietarsaaresta Kotkaan vieraillut seminaari toteutetaan joka toinen vuosi yhdessä Suomen meriarkeologisen seuran ja paikallisen museon tai järjestön kanssa. Merihistorian päivillä kuullaan huippututkijoita Suomesta ja maailmalta. Kymmenennet Merihistorian päivät järjestettiin Forum Marinumissa Turussa vuonna 2019. Koronapandemian takia vuodelle 2021 suunniteltu seminaari lykättiin vuodella ja ne järjestettiin Raumalla yhteistyössä Rauman merimuseon kanssa maaliskuussa vuonna 2022. Vuonna 2024 seminaari järjestettiin ensimmäistä kertaa sisämaassa Jyväskylässä. Seminaari on vakiinnuttanut paikkansa merellisen menneisyyden tutkijoiden, harrastajien sekä yhdistysten ja museoiden yhdistäjänä. Merihistorian päivien esitelmiä julkaistaan vertaisarvioituina seuraavana vuonna ilmestyvässä Nautica Fennicassa.
Suomi saarena – Finland som en ö – Finland as an island
Kotka 24-26.3.2017
Työ merellä - Arbete till sjöss - Work at Sea
Pietarsaari - Jakobstad 20.-22.3.2015
Pinnalla ja pohjassa – Laiva kulttuuriperintönä
On the Surface and in the Depths – Ships as Cultural Heritage
Helsinki 15.-17.3.2013
Toisen maailmansodan jälkeiset merenkulun vallankumoukset -
Shipping Revolutions after the Second World War
Uusikaupunki 17.–20.3.2011
Merihistorian rajapintoja: kulttuuriperintö ja merellinen ympäristö
Kotka 27.-29.3.2009